前情提要

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牧遠聯合安室透、怪盜基德、京極真一起，設計在琴酒與走私軍火公司社長交易時實施抓捕。

伏特加再遭基德黑手，京極真假扮成走私公司社長，琴酒陷入絕境。

…

貝爾摩德趁牧遠對琴酒動手，組織實驗室監察鬆懈之際對宮野志保動手，給她喂下了宮野愛蓮娜製作的毒藥（aptx-4869前身），準備利用易容術，憑藉宮野志保的指紋和虹膜潛入組織實驗室，銷燬aptx-4869的相關研究資料。

千鈞一髮之際，收到宮野志保催促簡訊的毛利蘭趕到。

貝爾摩德不忍心傷害毛利蘭，用出了人體描邊槍法，放任兩人逃入了海水中。

警方即將抵達，貝爾摩德變裝成一位交番的巡查警員離去。

水中，吃下毒藥的宮野志保即將窒息，善良的毛利蘭毫不猶豫地將自己肺裡的空氣度給了宮野志保，並親眼見證了宮野志保變小，灰原哀的誕生。

救命之恩讓宮野志保對毛利蘭大為改觀，甚至暗中將毛利蘭與自己的姐姐宮野明美做過比較。

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另一邊，熱帶樂園中，柯南本已逃脫了變小的命運，但由於懷疑牧遠對毛利蘭有意思、跟蹤兩人來到熱帶樂園，從而對牧遠展開了反跟蹤，被牧遠用一記手刀打暈。

琴酒憑藉著驚人的直覺與洞察力，感知到了不遠處柯南倒下時的動靜，柯學時間線再次降臨，身為穿越者的牧遠因不能良好融入而感覺到了暈車般的眩迷感，昏倒在地。

琴酒喂柯南吃下aptx-4869，時間線閉環。

牧遠恢復意識，看到了變小的柯南，終於意識到自己所穿越的世界，就是他前世養肥了好久，本想等點亮心圓後再看的熱門動漫——《名偵探柯南》。

柯南劇情正式開始。

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閉合的時間線讓柯南世界中的所有人都不會再變老，但牧遠除外。

牧遠不能確定，這種全世界只有自己會衰老的情況，會不會在他點亮心圓後，對他的心態產生影響，從而導致心圓出現裂痕甚至崩塌，為了以防萬一，他選擇保護柯南的主線劇情發展，確保在他找不到灰原哀時，灰原哀按照原本劇情自己主動出現。

（牧遠對柯南劇情的瞭解程度，僅僅只是主線的大致方向，以及某幾個關鍵的劇情節點而已。）

因而，牧遠化身為面具斗篷人，救下了即將被京極真揍趴下的琴酒。

京極真認出了牧遠，並以武道家、真男人的判斷方式認可了牧遠的氣勢，判斷出牧遠一定是有不得不救下琴酒的理由的，並沒有加以追問，但出言道：“如果再次遇到琴酒，他是不會手下留情的。”

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各人當前狀況：

牧遠：決定在確保柯南主線劇情不變的情況下，嘗試著在組織內部找到aptx-4869的製作者灰原哀。

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宮野志保：變成了灰原哀，知道牧遠和姐姐如果直到了她的情況，一定會竭盡全力的保護她，所以為了保護牧遠和姐姐，決定聽從阿笠博士的勸告，向兩人隱藏自己的身份，並計劃著用自己的方式保護兩人。

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柯南：聽過阿笠博士的簡單介紹，推理出了牧遠和灰原哀都是組織的人，但並不是敵人，並由於灰原哀不願意配合他對抗黑衣組織，從而決定繼續留在小蘭家，透過毛利偵探事務所的資訊優勢，尋找其他和組織有關的線索。

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毛利蘭：知曉了柯南就是變小後的工藤新一，不想新一再像以前一樣，做什麼危險的事情都瞞著她，從