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“沒問題。”
李揚輕點之後,這個介面初步執行起來,進入下一頁。
“好了,現在我們可以設定我們想要生成的ic50值範圍。”李揚說道。他在螢幕上移動了兩個滑塊,直到它們顯示為0-10nm。
崔敏微微有些驚訝李揚的操作,但也沒說什麼。
“這個小的數值?”崔敏助理卻是直接驚訝道,一般ic50的數值越小,說明抗體的特異效能越強,效果越好。“我們現在還沒有一個候選物質有這麼低的ic50值。”
“待會兒就知道了。”李揚笑著說,表現的卻是非常有自信。“它可以探索你沒有探索過的化學空間區域。”
他點選了另一個選項,允許他為生成分子指定一些額外約束條件。
“我們還要確保我們的分子是類藥物化合物。”畢竟是愛英集團高薪挖來的資料師,在這裡工作這麼長時間了,一些普通的專業知識,他已經理解了不少。所以往往還未等崔敏說什麼,李揚就已經開啟了對應頁面。
“這意味著它們應該具有合理的分子量、logp值、溶解度等等。我們可以使用一些常見過濾器,如lipinski的五規則或qed分數來篩選掉不理想的化合物。”
他在螢幕上勾選了一些框,並相應地調整了一些閾值。
“還有別的嗎?”他問崔敏。
“嗯,需要避免那些與我已經擁有的分子太相似的分子。”崔敏說道。“不用浪費時間和資源在測試重複或近似重複的化合物。”
李揚點點頭,而後在tanimoto相似性係數的截止值處輸入了0.8,這是一種常用的比較分子結構的指標。
“那就開始了?”李揚轉頭又問。
崔敏輕輕嗯了一聲。
隨後點選了一個標有“生成”的按鈕。模型開始工作,在螢幕上顯示一個進度條和一些統計資料。alice緊張地觀看,想知道是否會有任何有用的東西出現。
大約3分鐘後,模型完成了1000個滿足所有條件的分子的生成。它根據它們預測的ic50值對它們進行排序,從最低到最高,並以表格格式顯示它們為3d結構。它還突出顯示了它們的關鍵特徵,如功能團、環或雜原子。
這一刻的崔敏再沒了之前的從容,一臉不敢置信。
她走到電腦前,快速地滾動介面,仔細地看著每個分子。而越看,驚訝也就越大,這些分子確實是多樣化和創新性的,顯示出不同於她候選物質的骨架、取代基和連線方式。其中一些看起來很熟悉,類似於已知藥物或天然產物;另一些則完全陌生,展示了一些她從未見過的結構。她選中了一個分子,它有一個複雜的環狀結構,上面有一些氧和氮原子。
崔敏頭也不回地對李揚問道,“這個分子能合成嗎,有合成路徑嘛?”
“當然。”李揚點點頭。“我們的模型不僅可以生成分子結構,還可以生成合成路線。你只需要點選這個按鈕,就可以看到詳細的步驟和反應條件。”
說著李揚移動滑鼠,在一個位置上稍稍停頓示意給崔敏看了之後,才輕輕點選了一下,螢幕瞬間跳轉到了一個新視窗,顯示了該分子的合成路線。它包括四個步驟,每個步驟都給出了所需的試劑、溶劑、溫度和時間。
“我從沒想過能用這種方式設計和合成新藥。”崔敏臉上的震驚依舊,但已是抑制不住的笑意。
這個對她來說,實在是太有用,太好用了。
“崔老師,我是不是要失業了?”一旁的崔敏助理卻是苦著臉,因為剛才的這些工作,就是他平日裡做的工作,但可以肯定的是,他幾個月的工作量也比不上這個系統幾分鐘的結果。
這一刻,他感覺自
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